رد الأزهر على الجدل الذي أثارته صلاة شيخه أحمد الطيب، مع المرجع الشيعي اللبناني السيد علي الأمين خلال مشاركتهما في مؤتمر في جاكرتا، مؤكداً أنه يعترف بالشيعة ولا يكفرهم وانما هو ضد «التشيع السياسي».ورأت قيادات في مشيخة الأزهر، أن «هذه الصلاة تؤكد وحدة المسلمين»، لافتة في تصريحات لـ «الراي»، إلى أن الاتهامات للإمام الأكبر بالتناقض ليست في محلها لأن «انتقادات الطيب لا تطال المذهب الشيعي، ولكن تهاجم تصرفات قيادات شيعية تهاجم أهل السنة».ونفى وكيل شيخ الأزهر عباس شومان وجود تعارض في تصريحات شيخ الأزهر أو تناقض، أو تغيير في المواقف.وأشار إلى أن «المشكلة في عدم قدرة البعض على فهم تصريحات شيخ الأزهر، ويقحمون أنفسهم في التحليل والحكم على ما لا يفهمونه».وقال: «موقف شيخ الأزهر هو موقف مؤسسة الأزهر كاملة في الاعتراف بالشيعة وإنهم فريق من المسلمين لا يجوز تكفيرهم، ولا إخراجهم من زمرة المسلمين، وإن الإسلام يتسع للسنة والشيعة على السواء، ولهم ما للسنة وعليهم ما على السنة، وإن الأزهر يدرس مذهبين من مذاهبهم الفقهية وهما الفقه الزيدي والفقه الإمامي، ويدرس مذهبهم العقدي في كليات وأقسام أصول الدين في جامعته».وتابع: «أما عن لقاء شيخ الأزهر ببعضهم أو الصلاة في حضرتهم، فهذه عجيبة من العجائب لمستغربيها، فشيخ الأزهر معجب ببعض علماء الشيعة ويحتج بأقوالهم في كتبه ويلتقي العديد منهم في مكتبه وفي جولاته، لكنه والأزهر معه ضد التشيع السياسي، الذي يمارس من قبل البعض تجاه السنة، ولذا كان موقفه التاريخي مع الرئيس الإيراني السابق أحمدي نجاد حين استقبله في مشيخة الأزهر».